Translationale Forschung

PI: Prof. Steven A. Johnsen, Ph. D. (Mayo Graduate School), Professur für Translationale Krebsforschung, Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Kinderchirurgie der Universitätsmedizin Göttingen

Der/die Kollegiat/in wird die molekularen Mechanismen aufklären, durch die verschiedene Histon-modifizierende Ezyme in die doppelsträngige DNA-Reparatur und die zelluläre Antwort auf DNA-Beschädigung („DNA Damage Response“) eingreift. Insbesondere wird getestet, ob die Inhibition von diesen Enzymen die Effektivität von Chemoradiotherapie (CRT) erhöht und die therapeutische Resistenz überwindet.

Im Projekt wird der/die Kollegiat/in zunächst die Effekte von Knockdown oder Inhibition (z. B. mit spezifischen „Small Molecular Inhibitoren“) in Zellkultur testen. Hier wird zum einen das Überleben der Zellen nach CRT mit oder ohne Knockdown/Inhibition getestet. Zum anderen wird in Kollaboration mit dem Institut für Molekulare Onkologie durch verschiedene Ansätze die molekulare Rolle von Histon-modifizierenden Enzymen in der DNA-Reparatur untersucht. Hierzu gehören Assays zur homologen Rekombination und zum „Non-Homologous End Joining“ (NHEJ), Western-Blot-Analysen, Durchflusszytometrie (FACS), konfokale Fluoreszenzmikroskopie und Chromatinfraktionierung.

In Kollaboration mit Herrn Dr. Marian Grade (Viszeralchirurgie) und Herrn Dr. Hendrik Wolff (Strahlentherapie) werden die in vivo Effekte von Knockdown/Inhibition im Xenograft-Mausmodell der CRT untersucht. Darüber hinaus werden die Expression von diesen Molekülen und die Präsenz ihrer Zielmodifikation (z. B. Histon-Methylierung, Azetylierung, Ubiquitinierung, etc.) durch Immunhistochemie untersucht in Kollaboration mit Herrn Prof. Dr. Hans-Ulrich Schildhaus (Pathologie) und Herrn Dr. Jochen Gaedcke (Viszeralchirurgie).
Relevante Modellsysteme und Methoden, die ein Kollegiat in der Abteilung verwenden kann
Methoden: Western-Blot, quantitative Real-Time PCR, Chromatinimmunpräzipitation, High-Throughput-Sequencing (NGS), Bioinformatische Analyse von NGS-Daten, Immunfluoreszenzmikroskopie, Durchflusszytometrie, DNA-Reparatur-Assays, Immunhistochemie.

Publikationen:
Bedi U, Scheel AH, Hennion M, Begus-Nahrmann Y, Ruschoff J and Johnsen SA. (2014). Oncogene.

Prenzel T, Begus-Nahrmann Y, Kramer F, Hennion M, Hsu C, Gorsler T, Hintermair C, Eick D, Kremmer E, Simons M, Beissbarth T and Johnsen SA. (2011). Cancer Res, 71, 5739-5753.

Shema E, Tirosh I, Aylon Y, Huang J, Ye C, Moskovits N, Raver-Shapira N, Minsky N, Pirngruber J, Tarcic G, Hublarova P, Moyal L, Gana-Weisz M, Shiloh Y, Yarden Y, Johnsen SA, Borivoj V, Berger SL and Oren M. (2008). Genes Dev, 22, 2664-2.